بخش گیاهان این موزه شامل داروهای گیاهی ،دانه ها وگیاهان فیکس شده و گلدانی می باشد.مجموع بخش گیاهان ،شامل250 نمونه می باشد.

گیاهان این بخش مربوط به منطقه  بهاباد وبیش از پنجاه درصد از دانه ها وداروهای گیاهی نیز جزء فلور (گیاهان) منطقه می باشد.